一、全款支付方式。
开始办理之前付全款。这种方式下，企业需要在一开始就支付全部的代办费用，一方面增加企业短时间的资金压力，另一方面也会使企业在代办过程中比较被动。因此，除非是企业特别着急办下资质，或者这种方式下代办机构会给出一个比其他付费方式更优惠的价格，或者是长期合作的关系，双方有足够的信任度，否则一般不主张企业选择这样的付费方式。
二、办结支付方式。
资质办下来再付费。大家从网上看到有些代办机构为了承揽业务，承诺采用这种方式，就是资质办下来之后企业再付费，而且承诺资质办不下来不收一分钱。这种方式，看起来对申办企业非常有利，但其实也未必有利于资质尽快办下来。因为对于代办机构来说，反正也没有收企业的钱，所以积极性和·责任心可能会受到一定的影响。对于申办企业来说，由于没有付费，在催促申办企业的时候往往底气不足。因此，这种方式在实际操作中采用的其实不多。
三、分步支付方式。
分步骤付费。这是业内比较多采用的一种方法，就是双方约定将代办费分为几部分，分阶段支付。比如，开始办之前，可以支付一部分作为定金，关键的步骤都办完后支付大部分，全部办完支付尾款。这样对于双方来说，都有一定的约束力，不失为一种兼顾了申办企业和代办企业的一种付费方法，因此成为业内比较通用的方法。
除了建筑资质办理需要费用外，建筑资质维护也是需要费用投入的，建筑企业在资质证书有效期内也是需要保持资质标准条件的，包括企业人员和厂房设备等方面的费用，建筑企业还要符合安全生产要求，有必要的安全生产方面的投入。
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